Bowser, conocedor de que después de 35 años intentando conseguir el amor de la princesa Peach, siempre ha fracasado por culpa de un fontanero llamado Mario, tiene el mejor plan para conseguir llevar a cabo su objetivo. Para ello contrata los servicios de los Broodals, un grupo de 4 conejos encargados de montar celebraciones de bodas. Así Bowser prepara su barco para viajar por los distintos reinos y recoger los objetos más preciados para realizar su boda con la princesa. Nuevamente consigue raptar a Peach y viaja hasta el reino de los sombreros fantasmas, donde raptará una diadema fantasma llamada Tiara para su amada Peach. Mario lo perseguirá hasta este reino, donde conocerá al sombrero Cappy, el hermano mayor de Tiara, que se unirá a Mario para rescatar a ambas.
El sombrero loco
Nintendo ha querido dar una vuelta de tuerca muy importante, destruyendo su gorra de toda la vida en esta odisea. No os pongáis tristes por ello, porque Cappy la reemplazará. Cappy tiene la habilidad de adaptarse a cualquier forma, pero lo que lo hace especial es que su usuario puede poseer a cualquier ser vivo u objeto. De esta forma, nuestro Mario de toda la vida podrá transformarse en 24 personajes, entre los cuales se encuentran los Goomba, ranas o un Tyrannosaurus rex, entre otros. Esto nos permite tener sus características, como por ejemplo no patinar en el hielo si somos un goomba, bucear por el agua si somos un pez, etc… También podremos usar sus habilidades como lanzar bolas de fuego o sartenes si somos una tortuga hermano, arrasar si somos una cadena Chomp, o volar por los aires si somos una bala gigante. Todo tiene un sentido y poseer a estos personajes nos permitirá acciones que nos desbloquean nuevos caminos, o nos permite alcanzar alguna energiluna.
Las transformaciones no solo se realizan sobre criaturas vivas, también sobre objetos. Hasta un total de 28 objetos podremos usar para nuestro beneficio y así acceder a lugares que de otra forma sería imposible. Por ejemplo, podremos usar cables de electricidad transformándonos en energía, usar postes para impulsarnos en un salto largo, entre muchas opciones, que el jugador deberá descubrir por sí mismo.